前期准备
1.gromacs安装
conda activate aidd310
sudo apt-get update #更新
sudo apt-get install gromacs #安装2.xtb计算软件安装
conda install xtb -c conda-forge安装完成之后
xtb --version完成之后显示
Executing transaction: done
(/home/dataset-assist-0/tmp/zsl/conda_envs/aidd310) batchcom@dev-env-n651q-ee82f9:/home/dataset-assist-0/tmp/zsl/6-test/data_change/gfnff/jobs/GID110022$ xtb --version
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| ===================== |
| x T B |
| ===================== |
| S. Grimme |
| Mulliken Center for Theoretical Chemistry |
| University of Bonn |
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* xtb version 6.7.1 (edcfbbe) compiled by 'conda@c0858423619e' on 2025-09-04
normal termination of xtb
文件列表
- 01_process_mo2 : 读入配体的数据,通过mol2进行电荷合理/不合理的筛选,筛选出来的文件保存在logfile中,不合理的保存在wrong中
- 02_addchian: 读入蛋白质,计算残基的电荷,并对链进行标识符的重新分配
- 02_dump_protein: