Linux 基础操作

进入命令

• cd +Tab 自动补全
• cd 后退到home
• cd .. 后退一格
• cd ../ 后退两格
• cd / 后退到根目录
• pwd 当前所处文件的绝对路径

展示命令

• ls 全部罗列
• ls |head 列出部分数据
• ls |head -n 100 列出100条数据
• ls |wc -l 列出文件夹中一共有多少个文件
• head -n1 .chag 显示.chag的第一行数据

简单计算

• total_charge=$(echo "$protein_charge+$ligand_charge"|bc) 表示浮点数运算，bc可以用来处理浮点数
• sed 可以对文本进行查找、替换、删除
• sed -i "1s/.*/$total_charge/" .chrg 在第一行进行操作 ，.*表示匹配整行 $total_charge 替换为总电荷值，.chrg表示应用在这个文件上
• 注意如果total_charge 是 -1 会报错
• 可以更换为其他分割符 sed -i "1s#.*#$total_charge# .CHRG"

    sed -i "1s#.*#$total_charge#" .CHRG # 对第一行进行整体替代
    sed -i "$s#$#$ligand_charge#" .CHRG # $匹配模式是行尾

文件操作

• pwd 输出当前的文件夹路径
• cp A B 将A 的文件复制到B 中
• cp A/* B 复制A 中的所有文件到A 中
• rm -rf data 删除文件

解压文件

1. tar

- tar -xzvf name.tar.gz|head-100  解压出来，看看100个
- tar -xzvf name.tar.gz 直接解压

2.7zip

- sudo apt update
- sudo apt install p7zip-full #7z安装
- 7z x 01_ligand_process.7z # 解压7z文件
- 7z x 01_ligand_process.7z -o/path/to/destination # 解压到指定目录
- 7z l 01_ligand_process.7z # 列出压缩包的内容
- 7z t 01_ligand_process.7z # 测试压缩包的完整性

3.zip

- zip -r data5k.zip /database 将database文件夹压缩到data5k.zip
- unzip name.zip
- unzip data.zip -d /home/user/extracted/ #解压到指定目录
- unzip -l archive.zip #查看压缩包的内容

• ls | head -100 | xargs -I {} cp {} /home/user/destination/ 复制100个到xargs管道中，并到文件夹 （复制文件）

• ls | head -5000 | xargs -I {} cp -r "{}" /home/dataset-assist-0/tmp/zsl/0-database 直接复制文件夹 需要-r

• ls |head -1000|xargs -I {} cp {} /home/dataset-assist-0/tmp/zsl/GatorAffinity-DB/GatorAffinity-DB-Fixed

查看命令

• df -h /home/dataset 查看当前文件的磁盘容量

行动命令

• ctrl c 中止当前操作
• kill %1 中断当前序号为1 的项目
• kill %$(jobs -p) 中断所有的项目
• ctrl z 暂停当前操作

基础函数操作

• echo "my script begin to run!" # 打印函数
• python 命令行输入：

local pdbid=$1 #读取命令行输入，注意没有空格
python myscrip.py\
--ligandfile "$ligandfile"\

• python 的引用
  python 同文件夹下的.py
  python \home\tmp\zsl\全文件下的.py

ls | head -5000 | while read -r item; do
cp -r "$item" /home/dataset-assist-0/tmp/zsl/0-database
done

调用函数的方式

• 定义函数：01_ligand_process() { } # 大括号前需要空格
• chmod +x your_script.sh #给脚本增加权限
• ./your_script.sh # 直接运行
• cat 01_ligand_data.txt | parallel --joblog 02.log --retries 3 --jobs 16 01_ligand_process {} # 最后面的大括号前面需要空格
• base_directory=$(pwd)

基本配置

• 安装GNU parallel
  sudo apt-get install parallel # Ubuntu/Debian
• 安装文件转化
  sudo apt install dos2unix
  dos2unix mydoc.txt

单文件txt操作

• cp 01_ligand_data.txt 01_ligand_data.txt.backup #备份原文件
• sed -i 's/[[:space:]]//g' 01_ligand_data.txt # 移除所有空白字符（空格、制表符）
• cat 01_ligand_data.txt | head -10 #列出来清理之后的操作